Zagrożenia dzieli się na trzy grupy:
• biotyczne (np. szkodliwe owady, grzyby patogeniczne, ssaki roślinożerne);
• abiotyczne – ekstremalne zjawiska atmosferyczne (np. silne wiatry, śnieg, ulewne deszcze, wysokie i niskie temperatury);
• antropogeniczne – wywołane przez człowieka (np. pożary, zanieczyszczenia przemysłowe, zaśmiecanie lasu).

Zagrożenia biotyczne

2223,43 ha, tj. 11 proc. powierzchni leśnej Nadleśnictwa Chocianów, stanowią drzewostany na gruntach porolnych. Zagrożone są one przez opieńkę oraz hubę korzeniową. W celu ograniczenia rozprzestrzeniania się tych patogenów stosowane są metody biologiczne (zabezpieczanie pniaków preparatem PG IBL – Phlebia gigantea) oraz mechaniczne (usuwanie i palenie porażonych drzewek w uprawach i młodnikach).

W ochronie lasu przed owadami na terenie Nadleśnictwa Chocianów istotne znaczenie ma ochrona upraw drzew iglastych (sosna, świerk) przed ryjkowcami, a szczególnie szeliniakiem sosnowcem. Stosujemy różne metody: mechaniczne, np. okopanie uprawy rowkiem izolacyjnym, wykopanie na takiej uprawie dołków chwytnych, do których dodatkowo wkładane są środki wabiące, a zwabione tam szkodniki są niszczone, oraz chemicznie – uprawę trzeba opryskać roztworem insektycydu.

W uprawach i młodnikach iglastych pewne zagrożenie stwarza smolik znaczony. Ograniczenie jego liczebności polega na usuwaniu i niszczeniu zasiedlonych drzewek.

Ważnym zagadnieniem jest również ochrona przed szkodnikami pierwotnymi (liściożernymi), takimi jak brudnica mniszka, strzygonia choinówka, poproch cetyniak, boreczniki i zawodnica świerkowa. W tym celu prowadzone są różne prace prognostyczne, np. liczenie samic brudnicy mniszki podczas przejścia przez zagrożone drzewostany w czasie kulminacji rójki, jesienne poszukiwania zimujących stadiów szkodników sosny czy świerka.

Starsze drzewostany iglaste narażone są na szkody od szkodników wtórnych (uszkadzających drewno) takich jak cetyńce, korniki i przypłaszczek granatek. Ochrona przed tymi szkodnikami polega głównie na: wyznaczaniu, terminowym usuwaniu i wywożeniu z lasu drzew zasiedlonych, utylizacji resztek poeksploatacyjnych (gałęzi, kory) powstałych podczas pozyskiwania drzew zasiedlonych, terminowym wywozie pozyskanego drewna z lasu, a w razie jego pozostawania w lesie w okresie wiosennym i letnim – korowaniem i wykładaniem pułapek wabiących.

Bardzo ważnymi sprzymierzeńcami leśnika w walce z nadmiernym rozmnożeniem się szkodliwych owadów są ptaki. Aby poprawić ich warunki bytowania, wywieszamy w lasach budki lęgowe a zimą, gdy panują trudne warunki, dokarmiamy.

Duże znaczenie gospodarcze mają szkody powodowane przez zwierzynę (jeleń, sarna, dzik), którym zapobiega się w uprawach przez grodzenie, smarowanie repelentami oraz palikowanie cennych gatunków. Zimą podczas wykonywania pielęgnacji młodników i drzewostanów pozostawia się zwierzynie ścięte gałązki na dwa – trzy tygodnie, co znacznie ogranicza spałowanie młodników.

Zagrożenia antropogeniczne

Lasy Nadleśnictwa Chocianów charakteryzują się najwyższą, I kategorią zagrożenia pożarowego. Największe natężenie występowania pożarów występuje wczesną wiosną, z powodu wypalania traw, oraz latem, ze względu na wysokie temperatury powietrza i niską wilgotność ściółki. Dopiero jesienią zagrożenie pożarowe znacznie się zmniejsza.  Straty powstałe w wyniku pożarów często są niewymierne. W płomieniach giną liczne gatunki fauny i flory łąkowej i leśnej, następuje zubożenie przyrody.

Bardzo ważnym czynnikiem kształtującym zagrożenie pożarowe w poszczególnych porach roku są warunki meteorologiczne, takie jak: opady atmosferyczne, prędkość i kierunek wiatru, natężenie promieniowania słonecznego, temperatury powietrza i wilgotności powietrza. W sezonie palności codziennie określany jest stopień zagrożenia pożarowego, podawany na godz. 9.00  i 13.00. Przy wystąpieniu III (najwyższego) stopnia zagrożenia pożarowego i utrzymującej się przez co najmniej pięć kolejnych dni wilgotności ścioły leśnej mierzonej o godz. 9.00  poniżej 10 proc. nadleśnictwo wprowadza zakaz wstępu do lasu.

Przez tereny leśne nadleśnictwa przebiegają ważne szlaki komunikacyjne – drogi wojewódzkie oraz linia kolejowa, co przyczynia się do zwiększenia zagrożenia pożarowego. Problemem jest także bliskie sąsiedztwo wsi oraz łąk i pastwisk, z których część jest wiosną wypalana przez miejscową ludność.
Największe zagrożenie pożarowe na terenach leśnych spowodowane jest jednak nieprzestrzeganiem przepisów przeciwpożarowych przez ludzi przebywających w lesie. Z ustawy o lasach wynika m.in., że w lasach i 100 metrów od nich nie można używać otwartego ognia.

Nadleśnictwo Chocianów posiada system ochrony przeciwpożarowej złożony z punktu alarmowo-dyspozycyjnego przy biurze nadleśnictwa oraz systemu telewizji przemysłowej. W okresie wysokiego zagrożenia pożarowego organizowane są także patrole samochodowe. Nadleśnictwo wyposażone jest też w sprzęt do dogaszania pożarów. Na terenie nadleśnictwa zlokalizowana jest sieć punktów czerpania wody oraz dojazdów pożarowych w celu zaopatrzenia wodnego samochodów gaśniczych. Posiadamy też dobrze zorganizowaną łączność bezprzewodową w celu szybkiego reagowania w przypadku wystąpienia pożaru.